Le Bujinkan regroupe les connaisances acquises au fil des siècles par neuf écoles de ninjutsu, qui avaient chacune au moins une spécialité :

1. Togakure Ryu Ninjutsu
2. Kumogakure Ryu Ninjutsu
3. Gyokushin Ryu Ninjutsu
4. Gyokko Ryu Koshi Jutsu
5. Koto Ryu Koppo Jutsu
6. Gikan Ryu Koppo Jutsu
7. Takagi Yoshin Ryu Jutsu
8. Shinden Fudo Ryu Dakentai Jutsu
9. Kukishinden Ryu Happo Hiken Jutsu