Le Bujinkan regroupe les connaisances acquises au fil des siècles par neuf écoles de ninjutsu, qui avaient chacune au moins une spécialité :
- Togakure Ryu Ninjutsu
- Kumogakure Ryu Ninjutsu
- Gyokushin Ryu Ninjutsu
- Gyokko Ryu Koshi Jutsu
- Koto Ryu Koppo Jutsu
- Gikan Ryu Koppo Jutsu
- Takagi Yoshin Ryu Jutsu
- Shinden Fudo Ryu Dakentai Jutsu
- Kukishinden Ryu Happo Hiken Jutsu