Les ninjas de l'école Togakure s'entrainaient à 18 disciplines fondamentales. De nos jours certaines de ces disciplines ne sont plus enseignées pour des raisons légales :

1. Seishin Teki Kyoyo : raffinement spirituel, motivation, observation;
2. Tai Jutsu : combat à mains nues;
3. Ninja Ken : combat au sabre et techniques de dégainement;
4. Bo Jutsu : combat aux batons (tambo, hambo, bo, cannes, ...);
5. Shuriken Jutsu : armes de jet (étoiles, piques, dards, ...);
6. Yari Jutsu : combat à la lance;
7. Naginata Jutsu : combat à la hallebarde;
8. Kusari Gama : combat avec les chaînes et les faucilles;
9. Kayaku Jutsu : explosifs, armes à feu, pyrotechnie;
10. Henso Jutsu : déguisement, imitations et transformations;
11. Shinobi Jutsu : infiltration, exfiltration, discrétion, franchissement;
12. Ba Jutsu : équitation;
13. Sui Ren : combat, déplacement et franchissement en milieu aquatique;
14. Bo Ryaku : stratégie et tactique;
15. Cho Ho : espionnage;
16. Inton Jutsu : évasion, camouflage et dissimulation;
17. Ten Mon : météorologie;
18. Chi Mon : géographie, orientation et utilisation du terrain;

En plus de ces disciplines, l'entraînement des ninjas de l'école Togakure comportait un autre enseignement fondamental : la mise en oeuvre de la philosophie Kyojitsu Tenkan Ho. Dans le monde impitoyable du combat, le guerrier le plus fort était celui qui utilisait tout ce qui pouvait l'aider à vaincre, y compris en influençant les esprits.

Afin d'augmenter les difficultés chez son adversaire, les anciens ninjas développèrent cette philosophie, qui consistait à intervertir les notions de mensonge et de vérité. Il s'agissait d'une stratégie visant à vaincre et reposant sur la présentation de la vérité et du mensonge sous de telles formes que l'antagoniste se retrouvait abusé.

Kyojitsu Tenkan Ho est la base des activités et de la pensée du ninjutsu. Le fait que le ninja traite librement des concepts de vérité et de mensonge, passant de l'un à l'autre, l'oblige à avoir une propre notion de la réalité bien implantée. Afin d'éviter de se perdre, de s'égarer, ou de se faire engloutir dans ses propres duperies ou ses connaissances contradictoires, le ninja se doit d'entretenir la pureté de son coeur, appelé aussi Seishin. A ce niveau, le mot "pur" est synonyme d'"entier" ou de "total".

Le ninja garde la vérité dans son coeur, malgré le fait qu'il ait des apparences psychologiques différentes pour les autres. Il peut s'aventurer dans les royaumes du mensonge et de la duperie sans se souiller, ni se salir spirituellement, car il est entièrement honnête avec lui-même, à tous les niveaux de son Moi. Il peut ainsi se plonger volontairement dans l'obscurité glaciale, car il sait qu'il possède la faculté de générer sa propre lumière à partir de la clarté qu'il porte dans son coeur.